San Luis Amatlán se encuentra en la subprovincia de las sierras y valles de Oaxaca, dentro de la provincia de la Sierra Madre del Sur.

Fue fundado en el año 1524 como población española, en virtud de la conquista. Por la historia se presume que Amatlán estuvo ocupado primero por chontales, dominadores anteriores a los zapotecas en esta zona, quienes sin duda fueron vencidos por los segundos, pues el nombre de Cuatila con que fue fundado por los zapotecas, que quiere decir tierra de los combates, después se conoció con el nombre de Amatlán, nombre que le dieron los mexicanos a causa de sus blancos edificios.

La parroquia de San Luis Rey es un templo de pared de cal y canto y cañón construido en el año de 1720.